崇德八年（1643年）八月初九日，清太宗皇太极端坐在炕上突然停止了呼吸，时年才五十二岁。同其后暴死的雍正帝、嘉庆帝一样，皇太极的死在历史上留下了种种谜团。
有关清代的史料几乎都记载皇太极是“无疾而终”的。这种说法，作为表示他一生赫赫文治武功，死而无憾，好像是一种实事求是的定论。岂不知恰恰就是这种记载，既不符合实际，也给后人留下了一个不解之谜，因而产生了种种推测。可以肯定的是，皇太极绝非是无疾而终的，事实上是病死的，只是清代史书上不好名言。
皇太极自小身体就很好，到中年变得有些肥胖，出征时穿戴着很重的铠甲，连他的坐骑都承受不了。他最喜欢的两匹名驹，一匹取名为“大白”，一匹取名为“小白”，乘大白只能日行百里，乘小白只能日行五十里。
大约从崇德六年（1641年）开始，皇太极觉得自己衰老了。的确，时年五十就称为衰老有些夸张，事实上当时的皇太极已经是重病缠身了，只是史书上没说他的得的是什么病，只写“圣躬违和”或“圣躬不豫”。
崇德七年（1642年）十月，皇太极交出日常政务，外出打猎，希望恢复健康。次年正月初一日，皇太极又犯病，连最隆重的群臣庆贺也都取消了。接着，亲信布善说：“皇上腕力稍弱，仅获一兽。”以此来看，皇太极体力下降是很明显的。
三月十七日，皇太极“圣躬违和”，大赦天下，凡死罪以下皆赦免。四月初一日，“圣躬违和”，连续两天向盛京及境内各寺庙祷告，施舍白银。从崇德八年年初的几个月中，皇太极犯病次数频繁，说明他的病连连发作。但从四月到八月，的确有几个月的间隔没有犯病，这让人觉得他好像不是个长期患病的人。
皇太极到底死于何种病？清朝官方史书没有透露任何蛛丝马迹。但是朝鲜的史书《李朝实录》记载：“四月初六日，清人向长住盛京的国王之子（朝鲜被当作人质的王子）问药，而且请名医给太宗治病。”如此看来，朝鲜人对皇太极得了什么病，需要用什么药物应该是一清二楚的。按照他们的记载，所供应的主要是化痰、去热、解烦闷等药物。
皇太极的一生十分劳累，去世前几年诸事更加繁重，加上心爱的宸妃去世，受到了严重的精神打击，以致情志不舒，痰火上升，血热上涌，头昏眩。这些病症容易引起中风，血压升高，猝然死亡。由此可见，皇太极所患的病应该不出这个范围，而且是造成死亡的主要原因。
有的史书也说皇太极患“痰疾”而死，这个恐怕不准确，痰是其他病症引起的，仅仅是一个痰，还不足以称为重病，也没有前兆。也有人认为，皇太极是怀念宸妃伤感过度而死。事实上也并非如此。在宸妃死前，皇太极已经患病，至宸妃死后，皇太极连饭也吃不下，甚至还昏迷了一次。
但可以肯定，宸妃之死加重了他的病情，给本来已经患病的身体带来了进一步的损害，体质下降，经不起再添新病。皇太极一生备极勤奋，既驰骋于疆场，又日理繁重政务。由于长期处于高度紧张状态，没有放松的时刻，严重损害了健康。当潜伏的重病一朝突发，瞬息之间就夺去了他的生命。据此判断，他主要是因中风不语而死。
在野史中，有记载说皇太极之死是因为被孝庄下毒，原因是她与多尔衮有染而怕被皇太极察觉而下次毒手。这种说法是没有依据的，纯粹是杜撰，此举不仅给一代名后孝庄抹了黑，还严重违背历史真相。
皇太极去世后，备受他后世子孙的推崇。康熙、雍正、乾隆等皇帝，不断给皇太极填加赞美词，为他树碑立传。在他的陵寝御道的两旁树立的石兽中，有一对石马，是仿皇太极生前喜爱的坐骑大白、小白雕制而成的。这是让后世之人不忘他当年马上得天下的创业之劳。
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