印迹法的制备一般包括如下三个过程：
①模板分子与功能单体之间通过共价键或非共价键作用结合，形成主客体配合物；
②加入交联单体，在引发剂、热或光引发下，在模板分子——功能单体配合物周围发生聚合反应，聚合物链通过自由基聚合将模板分子和单体的配合物“捕获”到聚合物的立体结构中；
③将聚合物中的模板分子洗脱或解离出来，在聚合物中便留下许多与印迹分子形状相似的孔穴，且孔穴内功能基团在空间位置和结合位点上与印迹分子互补，可与印迹分子发生结合作用，从而实现分子识别。
分子印迹聚合物与模板分子之间的结合作用主要是孔穴内固定排列的结合基团与模板分子间的相互作用。在制备分子印迹聚合物的过程中，对结合基团有以下几个要求：
第一，模板分子与结合基团间要有足够强的键合作用，以便在聚合过程中把模板分子牢固地固定住在交联时把结合基团按确定的空间位置固定排列；
第二，生成聚合物后，模板分子要尽可能地完全去除，因为残留的模板分子会降低分子印迹聚合物的使用效率；
第三，结合基团与模板分子的相互作用要尽可能地快，以便用于快速色谱分离和催化，同时，还要具有很好的可逆性，这样才能多次反复使用。