三元九星主要包括年奇门，月奇门和日奇门三个部分的内容。这三种奇门都是以六十花甲子推演，而且是以一个六十甲子为单元，即第一个六十花甲子为上元，第二个六十花甲子为中元，再下一个六十花甲子则为下元，依次类推。复因推年奇门和月奇门用一白、二黑、三碧、四绿、五黄、六白、七赤、八白、九紫九星，推日奇门则用太乙、摄提、轩辕、招摇、天符、青龙、咸池、太阴、天乙九星，都离不开九星，故称之为“三元九星法”。又因为日奇门有九星飞遁，所以又叫“飞九宫法”。
以下分别介绍年奇门、月奇门、和日奇门。
1、年奇门法式
我国古代纪年采用六十花甲子，式盘分九宫，六十与九的最小公倍数为一百八十，所以共有三论六十花甲子，一共需要论转九宫盘二十周。这大概也是“三元九星法”的一个由来吧。
年家奇门以六十年为一元，即六十年为一局，分上中下三元。逆布六仪顺布三奇。上元从坎一宫排甲子戊，中元从巽四宫排甲子戊，下元从兑七宫排甲子戊，年家奇门的上中下三元即为阴一局，阴四、阴七局等开始排局。
推年奇门主要是寻找在中宫值年的星，而且都是逆推。
遁甲谊说：
上元甲子起坎白，中元四绿下七赤，
飞白挨次入中宫，九星顺数年皆逆。
定局之后先看当年的年干和年支，再根据年干支寻找它的旬首，在九宫格上按局排布好甲子戊之后，值符随年干、值使随年支，按顺序排布。
我们掌握了年家奇门的起局方法之后，进一步掌握年家奇门的吉凶格局和预测方法，由于年家奇门的格局吉凶与时家奇门的吉凶格局一样，掌握了时家奇门的吉凶格局，就掌握了年家奇门吉凶格局。
年奇门之法在古代的历注和时宪书中使用较普遍，称为紫白值年或叫年紫白。其用法，乃以一白、六白、八白和九紫为吉星，其中尤以“三白”为吉祥。中宫值年之星定下之后，依次分布其余八星，其三白所处方位，就是当年的吉方。据说若沿吉方出行办事，将能使你一切如意，万事大吉。但年家奇门的判断方法与时、月、日等不同，年家奇门以年为主，以本人年命即年干支定吉凶与月日时无关。
2、月奇门法式
月家奇门属奇门预测学中的整体组成部分之一，月家奇门五年为一局，即五年为一元，即六十个月为一局，每年十二个月，五年正好六十个月，所以五年为一元。月家奇门分上中下三元，怎样定上中下三元，用阴遁一、七、四的排局顺序排列，要以年干支来定。在年干甲己，年支寅申巳亥，四孟为上元，在坎一宫起甲子戊；年干为甲已，年支子、午、卯、酉为四仲为中元，在兑七宫起甲子戊；年干甲己，年支为辰戍丑未四季为下元，在巽四宫起甲子戊，余则按排布规则排列。由于月家奇门预测法使用的是阴遁，要逆布六仪，顺布三奇。
月奇门九星起例歌诀云：
孟年正二黑，仲年正八白，
季年正五黄，星顺月皆逆。
就是说，寅申巳亥四孟年正月为二黑入中宫，子午卯酉四仲年正月为八白如中宫，辰戌丑未四季正月为五黄主中宫。值月之星中宫定位之后，其余诸星顺布九宫，而月逆行，与年奇门形同。
月家奇门的布局方法，首先从年干推月干，月的干支明确后，再找出它的旬首，再根据旬首找出值符、值使。值符随地盘月干加临，月干在几宫，值符就加在几宫。值使则随月支飞布，月支在何宫，值使门就加临在何宫，余门则按规则飞布排列。月家奇门亦有四步：
第一步：根据年干支确定当月为几局；
第二步：根据月干支找出旬首，再将旬首（值符）加临在当月的干落宫中；
第三步：根据排局找出值使，将值使加临在月支所落的宫位上，余门则按八门的排列顺序，排列七门；
第四步：根据小值符随大值符的原则，将小值符加到大值符宫位中，余七神可按规则排列。月家奇门吉凶格局与时家奇门相同。
月奇门也是在历法和时宪书中应用比较多，每月只下必有一个九星图。其方法也是以值月之星入居中宫后，把其余诸星顺布九宫，观三白方向所在，便是本月之吉方。沿吉方出行办事，就能获得吉祥。
3、日家奇门（飞九宫法）
日家奇门主要有两种种起局方法，即九星与八门两套布局法，也分阴阳二遁，但与天盘的九星八门布局法却完全不同。感兴趣的可以查一下。
附：九星吉凶次序
一太乙水神，是个大吉之星，歌云：
门中见太乙，星曜号贪狼，
博弈钱财求，婚姻大吉昌，
出门无阻滞，参谒见贤良。
远行三五里，著皂辨阴阳。
二摄提土神，是个凶星，歌云：
远行遭羁绊，耕地损牛梨；
相生无凶祸，相克见灾咎；
死门并相见。老妇器悲啼；
求财并嫁娶，万事不相宜；
主陷匿藏遁，言动则伤身。
三轩辕木神，也是个凶星，歌云：
出入遇轩辕，作事必牵缠；
相生灾侵慢，相克必忧煎；
远行逢屯滞，博弈定输钱；
九天玄女法，句句不虚传。
四招摇木神，不吉，也不是很凶，歌云：
招摇号木星，当门百事成；
相克行人阻，阴人口舌迎；
昼梦多惊恐，屋响釜自鸣；
阴阳消息用，作事不容情。
五天符土神，凶星，歌云：
五鬼是天符，当门阴女谋；
相克无好事，言客路程迟；
走失难得见，吊宮若成孤；
此星当门值，切忌有炎途；
交战出军、迎锋出阵则利。
六青龙金神，大吉之星，歌云：
门内见青龙，求财喜重重；
每逢茶酒食，博弈定见赢；
相生钱财旺，休言克破刑；
接贵安营寨，万事喜和同。
七咸池金神，大凶之星，歌云：
五将号咸池，当门事不宜；
相生皆无破，相克有灾殃；
博弈相输脱，求财空手归；
神仙真妙诀，愚人要与知；
军事虚惊退，反覆逆风吹。
八太阴土神，大吉之星，歌云：
当门见太阴，百祸不能侵；
方行六七里，知交有觅寻；
妙法牢收取，回军引马前；
有伏兵截路，慎不可轻行。
九天乙火神，吉星，歌云：
门迎天乙星，相生百事成；
动用皆和顺，茶酒自相迎；
求婚行嫁娶，相会自天成；
出军交兵阵，一定见胜赢。
另有一首歌绝，对这九星的吉凶喜宜做了个总结，歌云：
天乙凡为百事通，摄提到处便为凶；
招摇出入多风雨，轩辕斗殴血光逢；
咸池临处多官事，太阴取用增财宅。
天符射猎打围吉，青龙财喜两重重。
天乙所求百事遂，九星吉凶妙无穷。