九龙寨城历史最早可追溯至中国的宋朝时代，为官富盐场的驻军。至清朝康熙七 年（1668年），当局于毕架山上设九龙墩台，康熙廿一年（1682年）改为九龙汛。嘉庆五年（1810年），当局将原守佛堂门的炮台移往九龙汛旁。
香港岛1842年成为英国殖民地后，清政府于1847年扩建九龙汛为九龙寨，并将原驻守大鹏湾的大鹏营调动于此，以抗衡对岸的维多利亚城。1898年《展拓香港界址专条》九龙半岛与新界成为殖民地，但在清政府据理力争下，九龙寨城仍然归满清派兵管辖，成为位处英国殖民地的中国外飞地。城寨更是清朝官员办公的地方，地位约等于现代的领事馆。
1890年代至1940年代期间，这群清朝驻军仍然留于寨城内的衙门及其他建筑物。九龙寨城于是成为当时“感受旧中国”的旅游点。历代中国政权由清朝到民国都就寨城主权问题对英国作出谈判，汪精卫都曾希望收回寨城。
其后1941至45年，日本侵华，日军占领香港期间，为了扩建启德机场的明渠，拆毁了全部城墙。日本投降后，露宿者开始在九龙寨城聚居，并于1948年成功抵抗英国政府进入整顿。由于香港警察、殖民地政府无权进入，中国的政权又拒绝管理，九龙寨城顿成罪恶温床、贫民区，更有以“三不管”（即中国不管，英国不管，香港不管）来形容当地的管辖权问题。自此，九龙寨城在无政府的情况下人口骤增，成为了杀人犯，强奸犯，毒贩等各色逃犯的聚集地；亦成为了各色地下工厂的所在。到70年代时，九龙寨城人口增至两万五，香港90%的海洛因由此输出。同时，各色大小妓院、赌场、斗狗场等等如雨后春笋般应然而生，包括大量没有安全监管的地下食品加工厂、无照医生、非法移民等等，都聚集于此。
到了80年代末期，九龙寨城人口增至五万，平均每人居住面积只有4平方米。各种非法建筑一层搭一层，乃至整个寨城98%的区域24小时无阳光，正午当空也要点电灯。而由于港英政府对此地不供电，唯一的电力来源是偷接路灯电缆；偷接的电线经常被掐，而停电则成为了家常便饭。同时，由于隔水系统不存在，整个寨城一年365天处处滴水。虽然处处滴水，但真正的自来水管只有8条，全部被寨城内势力强大的黑帮头目控制，为黑帮手下的各色地下工厂供水。普通寨民需要用水，要向黑帮交买水钱，然后在仅有的几个分支水管打水。整个寨城的卫生条件亦达到最差极致，老鼠和虫蚁与人同吃同睡。
昏黑，肮脏，各种妓院霓虹灯时亮时暗的狭窄暗道，如蚁穴般复杂的迷宫式走廊，漏水的墙壁，蹲在拐角的海洛因瘾君子，和无法无天无政府，这一切成了九龙寨城的代言词。
由于警察从不踏足此地，到了70、 80年代，九龙寨城附近的治安愈发恶化。诸多劫匪光天化日下公然抢劫，只要转身逃回寨城，警察便无力追击。乃至，澳门、台湾、马来亚一带的各色通缉犯，在走投无路的情况下，都会远道赶往香港九龙寨城寻求庇护。九龙寨城一度有50,000多名居民；以寨城面积0.026平方公里推算，城寨人口密度为每平方公里190万人，是全世界人口最密集的地方
1984年，英中就移交香港主权在北京进行磋商。中国政府力求英国在移交香港前必须办妥的几件大事之一，便是整治九龙寨城。80年代末，港英政府曾几次试图治理，但皆因情况太差及黑帮势力根深蒂固，而无果而终。1993年，港英政府在出动近5000警力，扣押近万人的情况下，历时一年，终将九龙寨城夷为平地，清拆工程于1994年4月完成。这个占地只有3公顷，却共有350栋楼宇，住有10000多个家庭，共三四万人生活和工作的地方从此成为历史。九龙寨城清拆后，香港政府将原址改建为公园–九龙寨城公园，整个公园以江南园林规格建造，分为春、夏、秋、冬四季，共八个不同景区。
就是这样一座富有传奇色彩的贫民窟，一块中外罕见的法外飞地，由于华人当时对其不感兴趣，至今留下的记实文献和照片凤毛麟角，且多为西方人和日本人所采。最终，九龙寨城成了一座大多数中国人闻所未闻，却享誉四海的传奇贫民窟。美国漫画家Troy Boyle甚至曾说：“我宁愿他们当年拆了埃及金字塔”。今日的九龙寨城遗址虽然成为了一座公园，然而九龙寨城的传奇色彩并没有削减半分，在西方国家和日本，基于九龙寨城而生的各色电影，游戏，小说和漫画仍然层出不穷。