1699年2月，康熙皇帝又一次南下视察。
这是康熙皇帝即位以来第三次到南方视察，出发前，康熙皇帝发布诏旨声称南下期间，“一切供给，由京备办，勿扰民间。”
当年4月，康熙皇帝一行来到了江宁（今南京市）。在江宁期间，康熙皇帝不但举行了盛大的阅兵仪式，还亲自前往明孝陵，跪拜朱元璋。康熙皇帝为人谨慎，头脑清醒，很少给人题字。但在耳闻目睹明朝故都的盛况后，康熙皇帝忍不住给朱元璋题了4个大字：“治隆唐宋”。
这是什么意思呢？是说朱元璋的治理比唐朝、宋朝还要好，以至于明朝比唐朝、宋朝还要兴隆。众所周知，唐朝之强大、宋朝之富裕，在中国古代属于拔尖的行列。由此可见，朱元璋在康熙皇帝心目中的地位。
事实上，康熙皇帝一生6次南下视察，其中有5次亲自前往拜谒朱元璋陵墓。而且每次拜谒均行三跪九叩之礼。对清史稍有了解的人就知道，三跪九叩意味着什么。因此，时人誉为“礼文隆渥，逾于常祀，是乃千古盛德之举。”
康熙皇帝之所以多次拜谒朱元璋陵墓，大致有两点原因。
一是获得清朝政权的合法性和正当性。众所周知，清朝是一个外来政权。外来政权如何获得合法性和正当性？一个最简便的办法就是以前朝政权的继承者自居。虽然清朝入关时，明朝已经因为崇祯皇帝自缢身亡而不复存在。但清朝统治者总是千方百计想和明朝发生联系。拜谒朱元璋陵墓，即为其具体实践。
二是安抚广大民众，笼络汉人精英。清朝入关后，由于错误地实行了“剃发易服”政策，导致南方一带对清朝发生激烈的抵抗。著名的“嘉定三屠”和“扬州十日”就发生在这段时间。在相当长的时间里，南方还存在浓烈的反清情绪。康熙皇帝拜谒朱元璋陵墓，有助于减弱汉人的抵触情绪，将汉人精英笼络在清廷身边，至少也不要成为潜在的抵抗者。
然而，值得注意的是，康熙皇帝一面给朱元璋扫墓，一面却对他的子孙后代赶尽杀绝。
我们知道，清朝入关后，对明朝皇室极尽刻薄之能事，残暴杀戮，绝不留情。历史学者白新良、赵秉忠所撰写的著作《清兵入关与明朝宗室》中，统计了一排令人触目惊心的数字：从顺治三年到顺治八年，清朝杀戮的明朝皇室，郡王以上有名有姓者有50多人。对于他们的家室，清朝则是全部诛杀。因此，仅仅这5年就杀掉了1万余名明朝皇室。连李自成都没有杀掉的崇祯皇帝3个皇子，最终都被清朝杀掉。
甚至到了康熙时期，清朝统治已经比较稳固，这样的追捕杀戮还没有停止。
崇祯皇帝第五子朱慈焕，在民间隐姓埋名，有幸逃过了清朝初期的杀戮，活到了70多岁。
1699年，就在康熙皇帝拜谒朱元璋陵墓，并题写“治隆唐宋”4个大字后，还向大臣表示，要寻找一名朱元璋的后裔，管理明孝陵：“朕意欲访察明代后裔，授以职衔，俾其世守祀事。”
朱慈焕不是傻子，当然不会真的跑出去接受康熙皇帝的这番“好意”，但他从此放松了警惕，自觉这辈子总算可以善始善终了。
然而，他老人家还是太天真了。
不久，朱慈焕请客吃饭时，喝多了酒，向一位老朋友透露了自己的身世。这可不得了。很快，消息就传了出去。当时在浙江一带组织反清复明的一念和尚获悉后，迅速举起朱慈焕的旗号。这把朱慈焕吓得够呛，赶紧携妻带子逃之夭夭。
可是，“普天之下莫非王土”，清朝的网络下朱慈焕又能逃得多远？很快，朱慈焕和一个儿子被抓获归案，其余6位家人均投缳自尽。
朱慈焕在审讯时，为自己辩护：“吾数十年来改易姓名，冀避祸耳……吾今年七十五岁，血气已衰，须发皆白，乃不反于三晋变乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招军买马，打造盔甲，吾曾有一于此乎？”
对朱慈焕的辩护，康熙皇帝根本不屑一听。他下谕旨称：“朱三即王士元，著凌迟处死。伊子……俱着立斩。”于是，朱慈焕亲眼看见自己的儿子被斩首后，又遭到凌迟之刑，在痛苦万分中离开人世。
至此，崇祯皇帝的全部后代消灭殆尽。
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