话说在武则天自己登基称帝后，徐敬业起兵伐武，而骆宾王起草《为徐敬业讨武曌檄》为徐敬业摇旗呐喊，上官婉儿想办法搞到了这篇文章，被骆宾王的文采飞扬深深打动，她在和武则天交流中，也说了些“爱护人才”之类袒护骆宾王的话，这可让武则天恼了，本该处死，后因皇帝爱惜其才特予赦免，只是处以黥刑。
还有一个说法有点离奇了，因为武则天做皇帝的时候也70多了，虽然养了不少男宠，但毕竟年事已高，而她手下的男宠个个颜值惊人，自然让上官婉儿情窦初开，她迷上了张宗昌，这渐渐被武则天发觉了，不过武则天开始也没发作。直到有一天，在万岁通天三年，三人一天一起吃饭，上官婉儿朝张宗昌多看了几眼，这可把武则天气坏了，直接一把刀就扔了过去，直接击中婉儿的额头，婉儿不得不手捂着额头，向皇帝下跪求饶。
看着婉儿竟敢当着自己的面和男宠暗送秋波，武则天本想处死婉儿，也下令把婉儿关进大牢，但考虑来考虑去，毕竟婉儿文采飞扬，帮自己随时制诰下令，几乎不用武氏操心。不过不杀吧，又咽不了恶气。于是决定对婉儿处以黥刑，让她永远接受教训，不得越轨。
不过当宦官给她朱色刺青后，婉儿额头中央长出一朵红色梅花，伤好之后，秀丽的两旁配上额头一朵梅花，反而更加娇艳动人了，这武则天也看呆了。此后，婉儿对皇帝尽心侍奉，曲意迎合，更得武则天欢心。后来武则天开始让婉儿帮她处理各类奏表，参决政务，权势日盛。
武则天死了之后，婉儿又依附太平公主的势力，不过后来韦后和太平公主作乱，李隆基带兵杀入宫中，诛杀韦后及其党羽，上官婉儿也在这次兵变中被杀。不过在她死后第二年，李隆基还是恢复了她上官昭容的身份，而且被追谥为‘惠文’，并且念其文才而广征她的作品，编成文集二十卷以示纪念。