秦始皇是在出巡的途中突然得病而亡。《史记》记载：“至平原津而病，始皇恶言死，群臣莫敢言死事。上病益甚，乃为玺书赐公子扶苏曰：‘与丧会咸阳而葬。’书已封，在中车府令赵高行符玺事所，未授使者。七月丙寅，始皇崩于沙丘平台。”文中没有记载秦始皇得了什么病，也没有记载御医救治情况，这就显得扑朔迷离了。
对于秦始皇的死因有着不同的说法：有人说秦始皇是突然生病死的，但也有人说是被害死的，没有一个定论，根据历史书的记载，更多的倾向于秦始皇是病死的。
秦始皇统一六国之后，已经39岁了。刚刚拥有至高无上的权力，自然不想早早死去，开始迷信来宫中骗吃骗喝的道士们，还给他们提供了炼制丹药的场所。这次，他带着赵高、李斯等去各地寻求长生不老之药，没有想到在半路上竟然病倒了，他以为是小病扛扛就过去了，没有想到卧床不起，没有熬到秦国就暴毙身亡了。
秦始皇患高血压脑溢血之类疾病可能性极大，倘若放在今天也难以救治；即使救治成功，也是废人－个。
但也有人说，秦始皇的确生病了，但病情不是很严重，而是赵高为了取得权力，趁机下毒害死了秦始皇。
考古大家、文学家郭沫若先生的历史小说《秦始皇之死》中这样描述的：秦始皇在平源津渡黄河时，癫痈病发作，后脑壳撞在青铜冰鉴上，加重了脑膜炎的病情，人处于昏迷状态；当车赶到沙丘后，宿了一夜。第二天，赵高、李斯发觉秦始皇已死，右耳流黑血，右耳孔内有一根寸长的铁钉，秦始皇的死属于非正常死亡。
谋害者是谁呢？赵高谋害的可能性比胡亥大，因为诏书、玉玺都在赵高手中，继承王位的决定权掌握在他与李斯手中。而赵高为什么要谋害秦始皇？秦始皇在临终前交代赵高要把他的皇位传给大皇子扶苏，而赵高唯恐扶苏继位，扶苏刚毅而武勇，必用蒙恬为丞相，而赵高对蒙氏恨之入骨，他要拥立胡亥即位，所以他对重病中的秦始皇下毒手的可能性极大。
赵高为了一己私利，竟然假传圣旨，把皇位传给了十八子胡亥，而胡亥是个傻子，对于政事一窍不通，于是秦朝便很快就葬送在他的手里。