在大家眼中，三藩之乱是吴三桂、尚可喜、耿精忠三位藩王联合发动的大叛乱，是一种分裂国家，极端邪恶的行为。与之相对的，以康熙为首的清军，自然是克定祸乱、拯救万民于水火的赫赫王师。然而随着对清史研究的不断深入，随着浩若烟海的清宫密档不断被解读，我们发现，康熙等满洲贵族对百姓的残害，甚至要远远大于吴三桂等“叛军”对人民的伤害。其中，一封秘密奏折的发现，更是直接颠覆了康熙“仁君”的人设。
三藩之乱时，江西、湖南是康熙与吴三桂拉锯的主战场，而蛮横的八旗兵在江西横冲直撞，犯下了许多暴行。他们不分良莠，四处劫掠，毫无顾忌，百姓生灵涂炭，很多人都沦为八旗军人的奴隶。可以说，这些八旗的所作所为，与他们在清初的前辈没有任何区别。
作为中国的统治者，康熙本该秉公执法，严肃军纪，惩罚首恶，或者至少应当安抚民众，然而康熙的所作所为实在令人心生寒意。最近，有封重要的奏折重新被发现，而作者是汉族高官——李之芳。
康熙十八年（1679年），李之芳向康熙成交一封奏折，主要谈及四件事，其中最重要一件便是要求江西地区的八旗军立即释放自己所掠夺的良民。奏折中，李之芳写道：
“首请给还难民子女”“世间第一疾苦，无如被掠难民一事”。“不意各旗营将，恢复地方之后，男女尽为俘虏，父失其子，夫失其妇，老幼呼号，不可胜计”。
当时，李之芳是前方攻打三藩叛军的主将之一，亲眼目睹了八旗军的暴行。当时，清军已经在战场上取得了优势，他们每“收复”一个地区，就会将当地百姓全部俘虏，作为自己的奴隶。在责任心的驱使下，李之芳向康熙上书，希望能赦免他们。
然而，康熙的红笔批复却让人大跌眼镜。
首先，康熙大骂李之芳：”既然你早知官军之恶行，为何拖到现在说？”（汝为总督大臣，身在地方，目击情形，尔何不即言直至今日，方形陈请？）
之后，康熙又冷酷地说：“江西等省人民反叛于建昌、饶州等处，抗拒满洲天兵。如今他们被击败了，难道还能当良民？”此后康熙又说：“满洲官兵捐躯杀贼，俘虏的男女，正好可以用来支付医药费和衣物、马匹等费用！”
言下之意就是，因为江西一部分地区的百姓曾支持叛军与满洲兵为敌，那么他们不分老幼都是敌人。如果白白把他们放走，如何对得起为皇帝亲冒矢石的满洲兵？康熙的强盗逻辑，简直溢出纸面。
很显然，康熙最终驳回了李之芳的上书。而根据徐乾学的《项景襄墓志铭》记载，李之芳在康熙十八年曾因“非所宜言”的罪名，贬官六级留用。
为了解放无辜被俘的百姓，有良心的官员们仍然没有放弃努力。康熙十九年夏天，汉官们以天旱无雨为名，希望康熙能赦免被俘的江西士民。宋德宜认为：
“臣等窃议，大兵虏获子女，其间真正从贼者固多，无辜受掠者亦不少。今逆贼俱已扫荡，请敕各省督抚查实，系良民妻子被掠到京者，准其题请给还完聚”。
当时，清朝已经基本平定了三藩之乱，回京的八旗军带回了大量俘虏。官员们只希望康熙能够广为施恩，放他们一条生路。就如宋德宜所说，在被俘难民中，总有无辜的吧。如果无辜，就该放回。
谁知康熙冷冷地回了八个字：“尔等所奏，尚属肤词。”也就是说，你们太肤浅了。很显然，康熙还是不肯赦免无辜的百姓。
因此可以说，如果康熙真有历史上记载得那么仁厚、那么爱民，就应该安抚百、善待百姓，缓和因三藩之乱而重新激发的满汉矛盾。但是康熙唯恐惹怒自己统治的基石——八旗军，因此选择牺牲百姓的自由和尊严，来满足这些残暴的大兵。
在残酷镇压、掠夺汉人百姓方面，这位被称颂为“圣祖仁帝”的黄弟弟，是丝毫无仁慈可言的。难怪是清史专家姚念慈表示：“康熙平日宣扬满汉无异、君臣一体，实际这是虚伪的、苍白的。他的某些作为，应该用暴君来形容。”
随着国内文献甚至域外文献的不断解读，康熙的阴暗面还将不断被揭露。康熙绝不是所谓的千古圣君。