两者的根本区别首先区别于出售条件，就是刚才提到过的满五年概念，二类经济适用房不管是否满五年可以直接交易，但是一类经济适用房必须满五年政府放弃回购才可以上市交易这是本质区别，其次二者在上市交易过程中税费缴纳和征收比例也有本质区别，二者在契税，个税，增值税的征收上是完全相同的，正常按照规定面积和比列进行计税和缴纳，区别最大在于，一类经济适用房需要缴纳综合地价款(先决条件满五年其次政府放弃回购)2008年4月11日前购买的满五年经济适用房:土地出让金=计税价格*10%， 2008年4月1日之后的满五年的经适房：土地出让金=差额*70%这是一类经济适用房，大家记住这个日期，这个日期和购房税费有直接关系下面继续说区别。
一类经济适用房
顾名思义一类也就是我们经常说的经济适用房，通常指已经列入国家计划内的由政府组织开发商进行开发建设的，以很低的微利价格出售给符合申请条件的，低收入或者中低收入家庭的保障性住房，一般价格比较低低于同区位其他商品房住宅小区，比较符合低收入家庭和中低收入家庭的经济承受能力，出售要求一般一类经济适用房要房屋产权证书满五年后才可上市出售，(在政府不回购的情况下)满五年以房屋权属证书，和契税票为依据。
二类经济适用房
二类经济适用房一般不包括我们常说的，拆迁房(回迁房)，拆迁安置房，康居房等，一般产权证书性质，会显示“按经济使用住房管理”字样个别2000年前社区会有经济适用房字样，此类房屋二手房转让出首不受满五年限制，可以直接上市销售。
二类经济适用房的缴税，二类经济适用房和一类完全不同，不需要缴纳综合地价款，而是缴纳土地出让金：缴税系数为3%也就是，一套房子需要缴纳的土地出让金=计税价*3%这是二类税费计算。
总结一类二类明显性质和税费计算有着本质的区别，各位在购买二手房的过程中尤其是一类经济适用房，首先要确认房屋是否满五年，不满五年的千万不能购买，后续无法进行交易过户，产权转移，一定注意不要造成不必要的损失。