这个制度缺陷的根源仍要追溯到洪武朝，胡惟庸案后，朱元璋废除了中书省和宰相，分中书省之权归于六部可谓中国政治史上一大转折。洪武一朝，朱元璋可以君行臣职，事无巨细一把抓，但毕竟不是人人都像他老人家那样精力充沛。朱元璋驾崩后，后继者必然要面对相权缺位的问题，明成祖朱棣上位后特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参与机务，称“内阁”。内阁制度也是明成祖为废相造成的制度缺陷而打的补丁。
明代的阁臣号称“无相之名，居相之实”，这话容易让人误解，认为阁臣就是换了个马甲的宰相。事实上，有明一朝，内阁的权力与历代传统宰相的权力极不相称。再者，内阁权力大增，号称“无名之相”也只能适用于明朝中晚期，明前期阁臣权力更小，内阁大学士只具有顾问身份，最终决定权仍然掌握在皇帝手中，大学士很难有参决机会，充其量只是皇帝私人秘书。内阁成立后，朱棣发现这个秘书班子的确能为皇帝分担不少事儿，非常适用，在永乐中期开始逐渐给内阁下放一些权力，让内阁兼管六部尚书，这样一来阁臣们也就有机会以高级幕僚的身份参与到帝国的最高决策中。到宣宗时期形成“三杨辅政”之局，无疑是内阁权力的扩张期。
《诚孝昭皇后张氏像》，现藏台北故宫博物院
宣宗时期的内阁“三杨”即杨士奇、杨荣、杨溥三人，永乐末年，他们在太子朱高炽与汉王朱高煦的夺嫡斗争中坚定支持太子，朱高炽即位后对“三杨”十分信任。仁宗朱高炽在位不到一年即驾崩，嫡长子朱瞻基继位后，对于父亲备加重用的“三杨”同样尊崇，形成“三杨内阁”辅政之局，内阁地位日益受尊崇，其中重要的标志就是形成的“票拟—批红”制度。这一制度也是对废相后的制度缺陷进行的弥补，即皇帝不用事无巨细去写所有奏本的批语，部分奏章由阁臣阅读后，代皇帝拟出批语，用小票墨笔书写贴于奏章之上，称为“票拟”，内阁有票拟的权力；但仅有“票拟”是不能算数的，必须皇帝用朱笔批示才能生效，皇帝的批示又称为“批红”。内阁大臣取得“票拟”权力当然是内阁地位的提高，但最终决定权还是取决于皇帝的“批红”。
实际上“票拟—批红”制度形成与宦官机构衙门化几乎是同步进行的，也是在宣宗时期，宫中设宦官学校内书堂，宦官“专征”之权也达到巅峰，明宣宗亲征汉王朱高煦时，太监郑和、杨瑛等人皆被委以留守重任，皇帝对内臣之信任可见一斑。也正因如此，司礼监逐渐打破原有平衡，不仅取得内府“第一署”之地位，更是形成总领内权之势。相对阁臣而言，内臣无疑是与皇帝更为亲近的人，尤其在“票拟—批红”这一新制度之下，内臣对于皇帝“批红”权的影响就不能忽视了。明朝自正统朝以来阉祸不断，很大的因素是司礼监实质上掌握“批红”大权，并有秉笔太监一职。虽然宦官代笔批红制度究竟始于何时尚存争议，但主流观点认为首现于宣宗时期。
当然，即使宣宗时期存在宦官代笔批红现象，也不能视为宦官擅权，充其量类似于私人秘书为帝王分忧，大权依旧掌握在皇帝手中。但当宣宗英年早逝，英宗朱祁镇冲年即位，懵懵懂懂，对政事一窍不通，那么陪伴其成长、形成亦师亦父亦友关系的王振便能轻易地掌握“批红”大权。也正是在英宗即位后，明帝国初年被废止的“相权”终于被内阁与司礼监分割，在正统朝形成新体制：一个核心（皇帝）、两套班子（司礼监、内阁），内外衙门夹辅的双轨制。
英宗即位与王振发迹无疑加速了宦官势力的膨胀，监军、镇守、守备、监枪、监仓等重要职位相继委派宦官担任；又特命内官提督神机铳炮，当时明帝国最为先进的火器部队神机营也交给宦官曹吉祥、王瑾控制；甚至派遣宦官率军出征，可谓明代“内官总兵之始”。权力大增的宦官集团开始大规模参与外政，大明朝内廷机构外廷化。从此，宦官制度稳定存在并长期发展，成为明帝国国家体制的一部分。