慢性结肠炎是结肠黏膜的慢性炎症，病程比较长，反反复复症状加重发作。引其慢性结肠炎的原因很多，治疗应针对疾病的原因综合治疗。
慢性结肠炎的原因可能是慢性细菌感染，寄生虫感染，过敏，药物刺激，及非特异性结肠炎（包括溃疡性结肠炎，克罗恩病等）。明确病因对治疗慢性结肠炎至关重要。 1、感染性结肠炎常用抗感染药：根据细菌培养的结果选用针对致病菌；明确为寄生虫的应抗寄生虫治疗。
2、美沙拉嗪等抗炎药；主要用于溃疡性结肠炎特别是轻到中度者，或重度溃疡性结肠炎经治疗病情缓解后。 3、皮质类固醇：常用强的松，一般常用于中度溃疡性结肠炎，克罗恩病患者。 4、益生菌：较轻微的慢性结肠炎，没有特定诊断的慢性结肠炎，也没有找到特定病原菌的患者可应用此类药物。
慢性结肠炎在中医属于“久泻”范畴，久泻的病位主要在肝脾，治疗应经中医辨证论治，因人而异。建议去正规的医院听从专业的中医师的意见。另外，服药期间，不吃不消化食物以及油腻、辛辣、酒烟等食品，注意饮食规律，少食多餐，作息规律，不熬夜。 慢性结肠炎最好的治疗方法就是药物和控制饮食综合治疗。