许多人不认可北京大学是中国的最高学府，认为清华大学才是中国最好的大学，理由是大部分国外大学排行榜上，清华大学的排名高于北京大学。笔者认为，清华大学固然是中国工科教育水平最高的大学，而北京大学则代表着中国文科和理科教育的最高水平。北京大学更有资格代表中国高等教育，更有资格称为中国高等教育的最高学府，因为北京大学除了傲视群雄的办学实力之外，还有着清华大学难以比肩的特殊身份与使命。
第一，北京大学的前身京师大学堂是中国近代第一所真正意义上的现代大学，标志着中国现代高等教育的开端。第二，京师大学堂在创立之初，还是当时的最高教育行政机关，承担着管理全国教育工作的职责；直至今日，虽然国家的教育管理工作早已由教育部承担，但北京大学依然具有比包括清华大学在内的其他高等院校都高的社会地位。第三，也是最重要的一点，北京大学（京师大学堂）是中国几千年高等教育的继承者，国子监最后一批学生就是转入了北京大学继续学习，北京大学代表着中国传统高等教育的延续。
北京大学从创建之初就是中国的最高学府，除了国立中央大学领袖群伦的那段时期之外，北京大学在直至今日的大部分时间里，都是中国的最高学府。北京大学既是中国现代高等教育的开端，又继承了中国传统高等教育机构国子监，她承担着延续中国高等教育传统、引领中国高等教育发展的历史使命。