这个没有讲明白，是要考什么专业。对于研究生来说，专业，也就是科室，老师极重要，因为对医生来说圈子非常重要。
泛泛谈谈吧，一般选择医科大学从这几方面选。
学科排名医学院不太看重985、211，毕竟医学界的老大北京协和医学院也不是985、211，211里面没几所医科大学，所以武汉大学是985的光环可以忽略。不过从第四轮学科评估来看武汉大学要好于重庆医科大学。
武汉大学：临床医学B、口腔医学B+、基础医学B、公共卫生与预防C+、药学B+重庆医科大学：临床医学B+、口腔医学C+、护理学B-、基础医学B-、公共卫生与预防C、药学B
附属医院一个医科大学的好坏跟附属医院的数量和质量大有关系，因为读完博士要工作，临床医学的必须要去医院，肯定本校的附属医院是接纳本校学生最多的医院。
武汉大学有9所附属医院：武汉大学人民医院、武汉大学中南医院、武汉大学口腔医院、武汉大学附属亚心医院（亚心临床学院）、武汉大学附属同仁医院（同仁临床学院）、武汉大学武汉总医院临床学院（军民融合发展中心）、武汉大学恩施临床学院、武汉大学医学部附属中山医院（临床学院）、武汉大学泰康仙林鼓楼临床学院。其中有8所三甲医院，三所医院在全国排进前100名。
重庆医科大学也有9所附属医院：附属第一医院、第二医院、附属儿童医院、附属口腔医院、附属永川医院、附属大学城医院、附属康复医院、附属第三医院、附属永川中医院。其中有6所三甲医院，三所医院在全国排进前100名。另外，重医还有20所非直属附属医院，30所教学医院。
重点学科武汉大学：一级博士学位授权点5个，1个国家重点学科，7个学科进入ESI全球前1%重庆医科大学：一级博士学位授权点7个，硕士点12个，4个国家重点学科，4个学科进入ESI全球前1%武大7个学科进入ESI，除了临床医学外，还有部分生物学科。
师资武汉大学：院士2人，国家级教学名师2人，杰青7人，新世纪人才19人，博导205人。重庆医科大学：千人7人，长江学者6人，博导239人，杰青、新世纪人才等加起来过百人。武汉大学的院士和部分杰青，都属于武汉大学医学研究院。研究院2014年创建，主要是研究生物医学，以及一些重大疾病的研究。这是个生物与医学的交叉学科。
把武汉大学的医学研究院刨掉，在医学方面的师资，重医比武大要强。
地域影响力
武汉大学：武汉大学的医学部来自于湖北医科大学，原来是个二本学校，但2000年合并后，武大在医学这块持续努力，跟华科大的同济医学院慢慢可以比一比了，在湖北能排第二位。重庆医科大学：重庆市最有名的医科大学，是第三军医大学，是211大学，重医也是排第二。
总结重医是个老牌医科大学，实力在医科大学里面不错，在整个西南地区也很有影响力。武大医学院进步飞快，10年前，大家可能还会认为重医远好于武大，现在各项指标比下来，重医应该被武大比下去了。
不过，这两学校还是区性性的强校，医生就业很讲究圈子，除了类似协和、北大医学部、川大华西、上交大、复旦等著名医学院外，其他的辐射力都是在本地。因此，如果题主在重庆就业，就考重医，如果在武汉附近就业，就考武大。如果不确定地方，建议考武大。武大的医学院水平还会上升，又是985大学，名头比重医响很多。
最后强调的，其实导师更重要，如果能选定科室，老师，就跟着老师走，老师不仅在学术上领路，在职场上也是很大的支持。