感谢邀请!我是百Win中学教师，很高兴能回答这个问题啊！
南京是“六朝古都”，人文荟萃，名校林立，是我国重要的高校聚集地之一，而南京大学就是其中最著名的一所名校，南京大学是985 211工程大学 “双一流”A类大学，是我国著名的华东五校之一，中国常青藤高校c9联盟之一，中国顶尖大学之一，常年排在全国大学前十名之内，南京大学实力雄厚，拥有两院院士32人(中国科学院院士29人，中国工程院院士3人)，师资力量强大。拥有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，拥有国家实验室（筹）1个，国家重点实验室7个，教育部重点实验室8个。2017年9月份公布双一流名单，南京大学入选A类世界一流大学建设高校名单，15个学科入选世界一流学科建设名单。在2017年教育部高校第四轮学科评估，南大共有41个学科参评，A类学科（包括A+、A和A-）获得总数共21个(A+ 3个 A 11个 A_ 7个)，排名国内高校第六位，继续保持领先地位。
上世纪末我国高校掀起了合并大潮，南京大学是在上世纪末高校合并潮中未进行合并的大学之一，虽然南京大学没有合并其他大学，但是南京大学依然十分强大啊!
南京大学这么厉害，但是在全国高校能排第三吗?
这个问题确实令人不太好回答啊!
其实我国常青藤高校C9联盟都是顶尖大学，实力都在伯仲之间，非要排位的话，我认为能排在第三名的应该是在浙江大学和复旦大学之间选择，浙江大学无论是双一流还是第四轮学科评估，都稳居全国高校第三，仅次于清华北大。而在最新2018年英国泰晤士报(THEs)、QS和美国新闻与世界报道(U.S.News)等世界三大大学排行榜500强中，复旦大学名次仅次于清华、北大，稳居全国第三名。
复旦大学和浙江大学到底谁能排名全国第三?我认为复旦大学更好一些，因为无论地理位置优越性，还是全国各省市高考投档线，复旦大学都要高于浙江大学(因为各省市高考投档线最能衡量这所大学在家长和考生中的地位)!