这种现象其实涉及到皇位嫡子继承的问题，这是传统中国皇位继承的基本原则。但实际上，皇帝嫔妃很多，而正宫只有一位，所以庶子继承皇位的情况在历代王朝都很参见。庶子承位，如果嫡母（即前朝皇后）已经去世，其在世的庶生母也就自然而成为皇太后，而如若嫡母与庶生母都健在，那么就会出现题主所说的两宫帝母并尊的现象。两宫帝母并尊现象最早可以追溯到战国末期的秦国。秦庄襄王在继承王位之前，以其父、时秦国太子安国君的宠妃华阳夫人为母，即为后即尊华阳夫人为“王太后”，又以“母以子贵”尊生母夏氏为“王太后”。
而对两宫帝母并尊现象，在形式上经历了庶生母嫡化的过程，即在形式上从嫡庶有别到嫡庶无别。
以明代为例，明代最早的两宫并尊出现在景泰帝时，明代景泰帝即位之后，嫡母孙氏仍然被尊为皇太后，又将其生母吴氏也尊为皇太后。但嫡母地位高于庶生母，虽同时尊为皇太后，但是有明显区别，“天子立，尊皇后为皇太后，若有生母则称太后者，则加徽号以别之”。故景泰帝在嫡母孙氏之前加“上圣”之号，以示嫡庶之别。其后又有宪宗嫡母钱氏和生母周氏并称、嘉靖帝伯祖母张氏和生母蒋氏，其中嘉靖帝在大礼议之后，将张氏与蒋氏均加徽号，但张氏为“昭圣康惠慈寿皇太后”，蒋氏“章圣慈仁皇太后”，二者还是有差别。
景泰帝嫡母孙氏，徽号“圣烈慈寿皇太后”
至明神宗朝时，两宫太后已经没有什么差别，神宗庶生母李氏在太监冯保和权臣张居正的帮助下，得以加徽号为“慈圣皇太后”，而神宗嫡母陈氏为“仁圣皇太后”，二者之间在形式上已经没有区别。
至清代，有三次两宫并尊的情况，即顺治朝的两位博尔济吉特氏皇太后，二者没有徽号之别；康熙朝的嫡母博尔济吉特氏和庶生母佟佳氏；同治朝的嫡母钮钴禄氏“慈安皇太后”和庶生母叶赫那拉氏“慈禧皇太后”。
当然，在事实上，两宫的实际权力大小要看实际情况，毕竟母凭子贵，如同治朝的慈安与慈禧，慈禧虽为庶生母，但实际权力要大于慈安。