朱棣发动靖难历时四年，攻入南京，登基为永乐帝。还好在他没称帝之前朱允炆消失了。如果朱允炆没跑的话，对于朱棣只有三个选择：
一，在进南京之前让朱允炆消失
这个选择对朱棣来说无疑是最好的。他是打着清君侧的口号，发动靖难。朱允炆半身并没有多大的过失。所以不管是废了他也好，杀了他也好，自己都要背负骂名。在不得已的情况下，他才会选择这样做。然而事实就是这样，朱允炆消失了。不知道这是真的巧合，还是朱棣让我们看到的一个巧合。朱允炆是死了还是跑了，到现在历史学家还没有什么发现。
二，以燕王的名义辅政朱允炆
辅政是好听的，其实就是说朱允炆就是个傀儡，朱棣把持朝政。类似于多尔衮辅政顺治那样。不过朱棣并不是多尔衮。按照他的个性，摄政王的名号是满足不了他的。他会等时机成熟后，像曹丕那样废掉朱允炆，自立为帝。然后等待朱允炆的命运就是被软禁起来，了却此生。如果朱棣不忍心大侄子受这样的苦的话，可能会让他被自杀。
三，省去辅佐的过程，直接篡位
这种可能性是最小的。朱棣登上皇位后，又是杀反对他的人，又是派人去找朱允炆，而且还重修史书，编了一部永乐大典。急于把自己身上的污点来掩盖掉。他是既想当婊子，又想立牌坊。如果真的一到了南京，就把朱允炆给废了，或者杀了自己当皇帝。那么篡位就坐实了。像朱棣这么有忍耐力的人，他宁愿等上几年，也不会这样做。真的做了，朱允炆估计命运同二。先是被囚禁，后又秘密死亡。
朱棣跟朱允炆不一样，从小混迹沙场，杀人连眼都不眨一下。是侄子又怎样？朱允炆念及旧情，他朱棣可不念。只要朱允炆阻碍了朱棣称帝的道路，他一定会杀。毕竟只要有了权力，还有什么不能够改变？